feedlyアプリが更新され、デフォルトでスクロールによる既読が無効になりました。
それに伴い、アプリを1度開くとPCのブラウザ版などでも設定が同期され、自動既読が無効になるようです。
厄介なのがブラウザ版の方には設定メニューが無いようでアプリの方から設定を変更し、設定が同期されるのを待つしか無いようです。
アプリの設定を変更する方法
アプリ下部のメニューの三本線を押し、開かれたメニューから[settings]を選択します。
[Auto-Mark As Read On Scroll]を[Yes]にします。